シギュン「世が世なら、軍師として名を残したでしょうね」
この台詞に「軍師」という言葉はあっても、「ナタリーが軍師である」という意味はありません。

仰る通り、ミケラルドが作戦を考案している事もありますが、ナタリー自らが行動している事もあります。

例1：リプトゥア国での魔族との戦争時、戦争、戦闘を担当したのがミケラルドというのがピックアップされていますが、授与式を手配したのはナタリーですし、聖騎士団帰還の報をリィたんが連絡してきたのもミケラルドではなくナタリーにでした。

例2：法王国でのスタンピードでは、ミケラルドが戦闘を担当し、各国への根回し、交渉の手札を切るタイミングや指示などはナタリーによるものです。

ミケラルドが起こしている行動はあくまで戦闘であり、軍が必要となる行動、すなわち戦争には、ナタリーの存在は不可欠です。当然、徐々に才能が開花しているので、最近の話になればなるほど、ナタリーの活躍の場が広がっています。

シギュンの台詞の意図は「軍師としての片鱗を見せている」というニュアンスのものなので、どうしてそういう解釈になったのか皆目見当がつきません。
感想や質問を頂ける事は嬉しいのですが、どうにも見落とされている事が多い印象が見受けられます。
私としても一から全て説明する事は難しいので、事実と異なっているのかをご確認の上、ご質問くださいませ。