ラストシーンに関してはですね、これまでの続いてきた世界(イミテイター本編2100年)は一部の記憶が消される形で残っている、という感じですね。

マコトは鍵剣で次の世界の扉を開く(引き継いで世界ループ)。
歩駆はゴーアルターで世界の再構築(別世界)。

それによってどうなるかは次回マコト編エピローグで。