書けるものしか書けない以上、書ける範囲で書けばいいと思います。テンプレな要素がどこかで感じられたらそれでいいかと。実際、テンプレ要素を全部入れないいけないと言う決まりはないですもん。テンプレっぽい何か、で、いいんじゃないでしょうか。

苦難があって修行して仲間と別れて裏切られても、主人公がそこまで桁違いに強くなくても、ヒロインキャラがチョロインじゃなくても、ハーレムにならなくても……あと他にテンプレ要素って何がありましたっけ？　神様の加護的なやつとか？

どうか楽しく執筆してくださいね。私からは以上です。

ものすごくわかりますわー(笑)。
私も頑張ってテンプレ書こうと思ったけど、結局何か違う物になってしまったという(笑)。
私はそこそこテンプレも読んでたんですけど、やっぱり書けなかったんで、読んでも大して意味は無いんじゃないかと。
いいんじゃないでしょうか、テンプレ知らないでテンプレ書いてみましたチャレンジ。