はじめまして、雉子鳥です。
そうそう、ジョーンが読み込んだ名刺のQRが怪しいです。

えーと、色んな解釈があると思いますが、一応僕の考えを書いてみます。
僕が思ったのは「Hello,world!」って、多分どんな凄腕ハッカーでも、プログラムを覚えようとした時に、初めて触れた言葉だと思うんです。

字面は、ただの挨拶言葉ですが、プログラムに触れた人同士なら思い入れや、特別な共通言語というか……、そういうものがあるような気がします。

母の壇しおりは、もう九十九側の世界に戻る事は無い。
自分に似たハッカーである九十九へ、去り際に残すメッセージとしてその言葉を選んだという感じでしょうか。

他にも、例えば九十九のPCが完全消去されて「Hello,world!」が表示されたとか、色々とパターンが考えられそうです。

ちなみにアイリスはしおりのアナグラムです。
hiroameさん、コメントありがとうございました。