製作国：日本

監督：三好邦夫

製作：富山省吾

企画：田中友幸

プロデューサー：北山裕章

原案：田中友幸

脚本：末谷真澄

撮影：関口芳則

特殊効果：渡辺忠昭

美術：清水剛

造型：小林知己、若狭新一

衣装：松山さと子

編集：米田美保

音響効果：柴崎憲治、三谷直樹

音楽：渡辺俊幸

音楽プロデューサー：北原京子

特技監督：川北紘一

特技撮影：江口憲一、大根田俊光

特技編集：佐藤康雄、利光英樹

特技美術：大澤哲三

特技助監督：鈴木健二

助監督：手塚昌明

出演：満島ひかり、島田正直、大竹雅樹他

　沖縄の海にヒトデのような謎の生物・ベーレムが大量に発生した。それは怪獣ダガーラ復活の前兆であった。一方、沖縄に暮らす小学生の浦内汐里は、ニライカナイからやってきた小動物ゴーゴと出会う。ゴーゴは海に沈んだニライカナイのピラミッドを浮上させると、それに呼び寄せられるようにダガーラも出現、ピラミッドを襲撃する。ピラミッドにはダガーラを倒すための秘宝が隠されているのだ。エリアス姉妹はモスラを召喚、ダガーラと戦わせるが、水中戦を得意とするダガーラには敵わない――。

　前作からの直接の続編。バトルフィールドを前回の森林から沖縄の海へと移し、成虫モスラとしては初の水中戦を描いている。また沖縄のニライカナイ伝説をモチーフに取り込み、環境問題への警鐘というメッセージ性は引き継ぎつつ、よりファンタジー色を強めている。ドラマの中心となるニライカナイのピラミッドは、大プールに12メートル四方の巨大なミニチュアセットが作られ、内部構造も41メートル×33メートルの東宝第８ステージ全体を使用して組み上げられた。こうした巨大なミニチュアセット以外にもCGを多用しているのも特徴で、技術の進歩を感じさせる。

　今回の敵となるダガーラは、既存怪獣の亜種や復活ではない、完全新規の怪獣。さらに四足歩行かつ水中で活動するという珍しい怪獣である。かつてニライカナイの文明により、海洋汚染を浄化するために生み出されたが、取り込んだ汚染物質から大量のベーレムを生み出し、文明を滅亡に追いやってしまう。その後は眠りについていたが、現代の海洋汚染をきっかけに復活した――という設定。陸上や空中でも活動することができ、石垣島に上陸して街を破壊した他、モスラと空中戦を繰り広げるなど、マルチな活躍を見せる。またモスラを自身のホームである海中へと引きずり込み、大量のベーレムをまとわりつかせて戦闘不能にしてしまうという、今までモスラが戦った相手の中でもかなり分の悪い相手である。

　苦戦を強いられっぱなしのモスラだが、ゴーゴのパワーでレインボーモスラへと進化する。ダガーラもパワーアップするものの、レインボーモスラの力に圧倒されるばかりで、海中へと逃げ込む。しかしモスラもアクアモスラへとフォームチェンジ、もはや蛾というよりトビウオのような見た目で、水中でも高速で動き回る。ダガーラとの戦闘はシューティングゲームのごとしだが、無数に分裂したミクロモスラがダガーラの体内に突入して内部から攻撃する、といった絵面はモスラでしかできない演出であろう。

　本作の公開後、田中友好プロデュースが死去。長年に渡り東宝特撮を支え続けた氏の遺作となった。また川北紘一特技監督も、怪獣映画を手掛けたのは本作が最後である。主人公の浦内汐里を演じたのは満島ひかりで、本作が映画デビュー作となった。DVDには彼女のオーディオコメンタリーも収録されている。