・宇宙開発が進む近未来、月面に電次元という別の世界への入り口が存在することが判明した。さらに電次元には地球人とほぼ同じ外見・能力・知能を持つ種族たちが生活しているとの事で、地球側は電次元側との友好関係を構築しようと、使節団を電次元へと派遣。その使節団の中には世界有数のプロゲーマーこと羽鳥秀斗の姿もあった。

・地球側と電次元側の交流は暫く順調であった。しかし電次元側でバグロイヤーと名乗る勢力がクーデターを起こした。この時の混乱に使節の面々が巻き込まれ、以後地球側と電次元側の交友は断絶、さらにそれだけでなくバグロイヤーによって電次元だけでなく月も征服され、地球侵略の火ぶたが切って落とされるが……

・だが電次元側で反バグロイヤーの勢力が抵抗を続けており、地球防衛の切り札として“ハードウェーザー”というデータが地球に送り込まれた。ハードウェーザーは普段電次元人の生き残りが人格・記憶を移植したアンドロイド・ハドロイドの姿だが、電次元から地球へと次元を超える際のエネルギーが内蔵されたデータを具現化(電装)して、巨大ロボットへ変わる。このハードウェーザーはバグロイヤーから地球を守るだけの能力を備えており、地球人がこのハードウェーザーのプレイヤー(パイロット)として操縦するとの事で地球・電次元間で共にバグロイヤーを打倒する目的が一致。国連はハードウェーザーを運用する特殊部隊“電装マシン戦隊“を結成。地球側にはハードウェーザーを正体不明のヒーローとして宣伝し、ハードウェーザーが人々からも侵略者から地球を守る存在として認知されるようになっていった。

・それから数年後、秀斗の息子・玲也は父が行方不明になっても帰ってくることを信じて、父を追い越すゲーマーにならんと日々鍛錬を積んでいた。その彼はハードウェーザーを題材としたオンラインゲームを嗜んでいたが、突如電装マシン戦隊に連行される事態に巻き込まれる。その理由はそのオンラインゲームこそ、新たなハードウェーザーの開発、優秀なプレイヤーの発掘の目的があり、電次元へ優れたハードウェーザーのデータが反映されていたのだ。しかしハードウェーザーの開発を担う電次元の拠点がバグロイヤーの奇襲を受け壊滅、その時のマシントラブルでブレスト、クロスト、ネクストの3機のハードウェーザーが誤って記録されてしまったという。その3機こそ全て玲也が組んだデータであり、彼の目の前にいるニア、エクス、リンの3人の少女の姿をしたハドロイドなのだが……

・しかし電次元に父がいるかもしれないとの話を知らされて、玲也はハードウェーザーのプレイヤーへ志願した。初めて複数のハードウェーザーを所有するプレイヤーとしての責任は重いが、ここで手を拱いていれば二度と父と会うことが出来ず、勝負をつける約束が果たせない……父を追い越すために黙々と鍛えたゲームテクを武器に、弱冠13歳の彼は戦場の宇宙へ飛び込んでいく……!