あるファンタジー作品で、人間側が信じる神も、魔物側（魔王軍）が信じる邪神も、実は同一だってネタを入れたことがあります。
どっちも「唯一の創造神」なんで、実は同じ神の表と裏だったというオチで。もちろん、元ネタはキリスト教とイスラム教です。
その作品では、特に人格をもって世界に介入してくる存在では無かったので、扱いとしてはフレーバー程度ですけど。
逆に、転生とかの設定説明のために出す神様は、「神」じゃなくて「世界管理者」って自称してるという設定を結構気に入っていて、ゲームの運営会社のユーザーサポートみたいな口調をさせてることがあります(笑)。

異世界からの神って、その世界の味方になるというよりも悪役というポジションの作品が目立つ気がしますね。
クトゥルフなんて代表的な例ですし、ゲームだとスターオーシャンなどにも。