おっ、良いところを突いて来ますね。
実は痛みが生じる理由については、作中で一番最初に描写される主人公：悠人の移植時に少しだけそのヒントに触れられていたりします。
今後、この女の子以外にも移植シーンが描かれますが、その所々にもその理由について隠されているので、是非ともその真実に注目して頂ければと思います。