世界各地で紅色の霧が出現し始めた頃、不可思議な金属の亡霊「メタルレイス」が姿を現す。この混沌の中、ラナティスの街が四ツ目の百の部隊に陥落。若きルキアは、父マグナが光の子として戦死したことで、深い悲しみに沈む。
失意の中、クラヴィスはあやかし森の魔女ツァローニのもとへ逃れ、力を得るための修行を始める。一方、ルキアは幼なじみのニックと合流し、父の仇「四ツ目の百」を探し旅を続ける。二人はメタルワームの子供を助けるため、危険な紅霧の中へと踏み込む。そこでルキアとニックは、メタルレイスと化した焔の母、華幻と出会い仲間に加える。この出会いは、メタルレイスの正体に迫る重要な手がかりとなる。
旅の途中、一行は白仮面の集団に襲撃され、太古の遺産を守護するアキホカ村へと連行される。しかし、ルキアの父の元相棒フォノンの登場によって誤解は解ける。村では、シャーマンのナイラの力を借り、華幻を人間の姿に戻すことに成功。これにより、メタルレイスが元人間であることが証明される。
さらなる真実が明らかになる。インダストリ社の社長ネザンが元アキホカ村の住人であり、太古の遺産を使って謎の薬「デルタ七三」を開発していたのだ。村の掟により、ネザン討伐が決定される。
最終決戦の舞台はケミカルプラント。激しい戦いの末、ルキアたちは勝利を収めるが、魔女ツァローニが狙撃により命を落とす。悲しみに暮れる中、ネザンの体内からエメラルドシードが発見される。
驚くべきことに、このシードがルキアの額にぴたりとはまり、ルキアが伝説の聖王であることが判明する。ルキアの第三の目が開くと、神秘的な緑色の鳥「覚王」が現れる。
こうして一つの戦いに決着がつくも、ルキアたちの前には新たな試練が待ち受けていた。紅霧の真の目的、メタルレイスの起源、そして聖王としてのルキアの使命―これらの謎を解き明かす旅は、まだ始まったばかりだった。