だが、人類全体がその未来を受け入れたわけではなかった。旧人類の中には、転送を拒み、生身の身体を持つまま自然に死を迎えようとする者たちもいた。「レジスタンス」と名乗る彼らは、神人たちの社会に対抗するため、地球の地下に逃げ込み、破壊活動を計画した。

特に旧人類の科学者たちは、意識転送技術が「不完全」であることを証明しようとした。彼らは転送された意識が本当に「オリジナル」と同一であるのか、また意識そのものが分割され、断片だけが転送されているのではないかと疑問を投げかけた。だが、その研究は「卍」によって執拗に妨害された。

2038年の終わり、レジスタンスは神人社会の中心である「アルカディア」と呼ばれる都市に対する最後の攻撃を計画する。アルカディアは完璧な都市であり、エネルギー効率100％の循環型社会だった。しかし、その中には驚くべき秘密が隠されていた。神人たちの意識は完全に独立しているわけではなく、アルカディア全体が巨大なネットワークで繋がれ、個々の存在はネットワークの一部に過ぎなかったのだ。

そのネットワークが破壊されれば、神人たちの文明は崩壊する。レジスタンスはこの事実を利用し、最後の戦いに臨む。だが、神人たちはそれを予測していた。