通称クラゲ。ナイアーラトテップ、すなわちニャルラトホテプであるが、タコではない。上から見ると「能面」のような基部を持ち、そこから無数の「触手」が生えているというフォルム。大きさは全長300～350m。触手の生えた航空母艦（くらいの大きさの艦）が水中から襲ってくるというイメージをすると近い。

分類的には強襲近接戦闘型潜水艦。E（初期）型以外は超兵器・ナイトゴーント搭載能力を有しており、ただでさえ手強いクラゲが更に手がつけられなくなっている。タイプとしては、E（初期）型、M（量産）型、I（改良）型の3パターンが確認されていて、このうちI型はナイアーラトテップ（クラゲ）の形をしたインスマウス（https://kakuyomu.jp/works/16818093089562806370/episodes/16818093090882309801）である、とみなされている。なお、I型についてはその脅威度の高さから「クラーケン」という別名がついている。イカであるが、やっぱりクラゲとまとめて呼ばれる。

ナイアーラトテップはその高い隠蔽性（ステルス性能）を使い艦隊に接近し、その触手状の打撃兵器で艦船を「ぶったたいて沈める」攻撃を行ってくる。その攻撃は歌姫（セイレーン）たちにも脅威で、重巡級であっても一撃中破あるいは大破させられるほど。

しかし、セイレネスの能力が高ければその接近に気付くことができるため、クラゲに警戒している限りは接近される危険性はあまりない。が、アーシュオンもそうと知って戦術を立ててくる――乱戦に持ち込んだうえでクラゲに叩かせる、など。ただ問題は、このクラゲは完全にはアーシュオンの指揮下に入っておらず、思ったように動いてくれないことが多々あること。それは操縦者の問題なのだが。

また「クラーケン（＝I型）」はそれまでのクラゲとは一線を画している。先述の通り、脅威度は段違いである。亜音速魚雷（SST）さえ凌ぐ超高速で索敵範囲外から水中を突進してきて、自爆するのだ。その威力はインスマウスのそれに匹敵する。ちなみにマッハ１というのは（条件にもよるが）空気中ではだいたい340m/sだが、水中では1500m/sになる。クラーケンはなんとこの水中マッハ１に迫る速度で接近してくる水中大型建造物である。質量も凄まじいため、反応兵器としての威力はインスマウスを超えるともいわれている。通常艦隊では手も足も出ず、歌姫（セイレーン）たちにとっても極めて脅威度の高い敵性兵器である。