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現在のヒーローものでは、敵に改造人間を使うことはないですね（『鬼滅の刃』はちょっと方向が違いますので除くとして）。元祖である『仮面ライダー』でも平成に入った『BLACK』で終わりとなりました。ライダー自身も改造人間ではなくなりましたね。
理由は公式によると「医学の発展で実際に人体改造レヴェルのことが出来るようになったため、治療を受ける方をはばかってやめた」とのことです。ただ私見では、漫然と使われマンネリ化した「改造人間」設定を純粋にやめたかったのではと思ってます。
我々は「悪を倒せ」と思ってしまいますが、よくよく考えて視点を変えると本来の恐ろしさや陰惨さが見えて来ます。何せ無理矢理無辜の人を「悪」に仕立て上げて殺させるんです、陰険陰湿な組織ですよ。
ライダー１号を演じた藤岡さんもTwitterで「今の人は知らないかも知れないけど、本来『仮面ライダー』は非常に陰鬱な作品なんだ」とつぶやき、間接的にこのことを示唆しています。私もこれではっとしました。
『新仮面ライダー』で女性が拉致されさそりの怪人に改造されてしまうという話があるのですが、これが敵として「改造人間」を製造し使役することの残忍さを描いているものと言えましょうか。基本的に粛々と怪人を倒して終わりにするライダーが、余りの非道に激昂する場面もあるとのことですので。
もっともこの作品の黒幕は、そこまで考える頭などないのですけどね。読んで行くと分かりますが「頭のいいふりした痛い馬鹿」というのが基本なので、分かるわけもなしです。