すみません、実は３周目です。
長門さんの文体には独特の優しさと美しさがあり、読んでいるとなんとなく心が癒されます。今回は物悲しい結末のようですが、それゆえに物語の美しさが印象深く残りました。

完全に蛇足かとは存じますが、私の解釈を書いていきます。
少年と少女の暮らしていた星は、おそらくたんぽぽの綿毛のような植物が原因となって滅びてしまったのだろうと思いました。この植物は繁殖力が非常に強く、よその星からやってきて、その星に暮らす人間（のような存在）を滅ぼす、恐ろしい植物なのかもしれません。
でも少年が少女に贈ったときにはそのことを知らず、珍しい花を見つけたので相手を喜ばせるために贈ったのかなと思います。

語り手を乗せた船が航路を変えたのは、その植物がはびこり始めた地域へ向かっていて危険だったから、と推察しました。
語り手は「命の種」のような存在で、自分が生まれるべき場所を探しているのかな、と思いました。

以上、いろいろと想像して楽しませていただきました。
長文失礼しました。