このシーンを書きたいとか
このキャラを書きたいとか
このセリフを書きたいとか

外伝ショートをさらに短くして、特に良いと思った部分を書くと進むのではないでしょうか？

最初から整ったものにしようとして辛く(略)

　えーっと、今連載中の作品との事ですが『異世界サムライ』の方についての意見です。

　とりあえず『主人公が凄い！！』というのを書きたいのであれば、少なくとも序盤は『凄い刀』に頼るのはアリでも『凄いスキル』に頼るのは避けた方が良いと思います。

　何故なら、それをしてしまうと、武瑠の『インターハイで優勝した事がある程の剣道の腕前を持っている』という設定が完全に『死に設定』になってしまうからです。
『凄いスキルを持っているから強い』というふうにしてしまうと、『もし仮に、武瑠と同じスキルを持っていたら、そのへんの村人Ａでも同じ事出来るんじゃね？』となってしまって、主人公の凄さが無くなります。

　なので、『サムライ』のスキルは『持ってはいるけど目覚めていない』という状態にしておけば、戦いを通じて成長する要素が描けるので『これから主人公がどう強くなってゆくんだろう？』というワクワク感が出しやすいと思うんです。

　あと、そういう事にしておけば……例えばですが、『女神にもらった刀を奪われて普通の剣で戦わなければならない』みたいなシチュエーションがあった時に

敵Ａ：「あの刀が無ければお前など恐るるに足らん！！」
敵Ｂ：「やっちまえー！！」
武瑠：「ふんっ！！」

（戦闘シーンは省略しますが……）

敵Ｃ：「つ、強い……」
敵Ｄ：「何だあの剣術は！？　あんなの見た事無ぇ！！」（←異世界感を出しましょう）
武瑠：「剣道の基本……面打だ！！」（←ここもスキル頼みの技は一切使用せず、武瑠が自分で習得した剣道の技を使う方が良いでしょう、その方が主人公スゲエ感がありますし……）

　みたいな『武瑠がスゲーと思えるイベント』を作りやすくなると思うのです。良かったら参考までに。