読んでいただきましてありがとうございます。
お尋ねされた点について書きます。

キャラクターは出しすぎないのを、まずは心がけたほうがいいです。
読み手だけでなく、書き手も収拾つかなくなりかねないからです。
大長編ならば、たくさんの登場人物が出せます。
ですが、四百字詰め原稿用紙換算三百五十枚くらいの長編だと、出せる登場人物もせいぜい５，６人。どんなキャラクターなのか、一人につき説明に五十枚くらい要するからです。

読み手や書き手が混乱しないようにするには、登場人物の性格がそれぞれ被らないようにするといいです。
会話する相手が、主人公と対象の性格だとわかりやすいです。
（明るい⇔暗い、笑う⇔怒る）など。
よくあるのは、口癖や言葉の語尾に特徴をつけることです。
「～やん」とか「～やけん」などなど。
書き手の皆さんもされているとは思いますが、まずはキャラ作りからはじめるといいと思います。

まず最初に、各キャラクターの全身イメージイラストを描いてます。
それから、名前、誕生日、血液型、身体的特徴、家族構成、どんな家に住んでいるのか、人間関係、性格、部活、趣味、特技、あだ名、口癖、琴線に触れる抱えているもの、服装やメイク等の好み、好き嫌いなどなど。周りに書いていきます。
主要キャラクターだけでなく、登場するキャラクター全部。
一覧表にするのもいいです。

そんなキャラクターがどんな町、学校、教室、店などで過ごしているのか、イメージボードもそれぞれ作ります。
平面図、正面図、側面図の三面図だけでなく、その場所に人がどう動いているのか、そんな絵も描くといいです。
そういう設定を作ってから、ノートでもコピー用紙でもいいので、先程作ったそれぞれのキャラで掛け合いをさせます。
右にAというキャラ、左にBというキャラ、右下にCというキャラを配置して会話させ、それぞれのキャラクターの性格で使い分けられて書けているのかを確かめます。
いろんなキャラクターの組み合わせを試してみるのもいいです。
こういうことをすると、頭で考えただけではわからなかった気づきが出てきます。

漫画をつくる要領で作っていたため、この作品ははじめから登場人物が多く出ています。絵と文章が伝える情報量の差が違うことの認識が甘かったためだと思います。
なので、全話のサブタイトルをつけながら、それぞれのキャラが主となる話、プロットを決めました。
各話ごとに各キャラのメイン話があるため、他のキャラがメイン話のときには出さないとか引き立て役に振り分けることもできます。
他には、二人や三人で一組、という登場もできます。

多くのキャラが登場している全体の場で、一つの感情（喜怒哀楽）になっているときは区別しにくくなる気がします。
それぞれのキャラクターの感情の温度差をつけるよう、心がけました。