・バグロイヤーにほぼ全土を支配された電次元の惑星ゲノム。だが抵抗する地下組織は、有志たちの記憶・人格を移植した上、ハードウェーザーと呼ばれるロボットデータを記録して具現化する能力を持ったアンドロイドことハドロイドを製造し続けていた。バグロイヤーが別次元に存在する太陽系へ侵攻を開始したに伴い、彼ら地下組織は地球の有志たちで結成された電装マシン戦隊と同盟を締結し、太陽系へ侵攻したバグロイヤーの勢力を駆逐しながら、本土の勢力を消耗させて一大反抗作戦に転じようというのだ。

・しかし、地下組織の一拠点ティーンパープルがバグロイヤー側に発見され、抵抗もむなしく陥落した。ティーンパープルの面々は機密などのデータ類を別拠点に移して散り散りになるが、土壇場にわたって電装マシン戦隊へニア、エクス、リンと3人のハドロイドを転送していた。だがその転送したハドロイドはバグロイヤー襲撃が原因で本来と異なるデータが記録されてしまった。

・そもそもハードウェーザーとは、地球側では電装マシン戦隊が運営しているオンラインゲームとしてカモフラージュされており、地球でのプレイヤーが組み上げたハードウェーザーのスペックと戦績などが実際のハードウェーザーのデータとしてハドロイドに記録される仕組みである。そして誤差で記録されたハードウェーザーはブレスト、クロスト、ネクスト。3機のデータとも13歳の日本人・羽鳥玲也が組み上げたデータだったのだ。3機ともスペックと戦績からして候補にはノミネートされていたが、ハードウェーザーを動かすことができるのはそのデータを組み上げて使い続けたプレイヤー……つまり当の本人に限られるのだ。よってまだ中学生の彼を実際の戦場へ行かせることは憚られ、候補止まりとなっていたが、バグロイヤーの襲撃による誤作動でそれどころではなくなってしまったのだ。

・羽鳥玲也とは日本最強のゲーマーと謳われたが、5年前に消息を絶った羽鳥秀斗の一人息子だ。彼はいつか自分を超えるとの父との約束を果たすために日々ゲームの腕を磨いていた……が、ハードウェーザーの一件で電装マシン戦隊に半ば強制的にドラグーン・フォートレスへ連行されてしまう。玲也は転送されたニア、エクス、リンの3人が、自分がそのオンラインゲームで使っていたブレスト、クロスト、ネクストのデータが記録されていることを聞いて驚きを禁じ得ない。一方ニアは玲也のデリカシーのない発言に怒り、エクスは子供に動かされたくはないと見くびっていた。

・だが、転送されたニアたちの行方を追って、バグロイヤーの追撃部隊が迫る。彼らは自分たちの故郷や友人、家族を奪った憎い存在……ニアは黙ってられないと真っ先にブレストへ電装、これにエクスとリンはまだしも玲也もプレイヤーがいなければハードウェーザー自体を動かすことができないからと半ば強制で乗せられて出動することになった。最もプレイヤーである本人が操縦しなくても、他のサブプレイヤーが代わりに操縦することができる訳だが、困ったことにエクスとリンはブレストの操縦方法を知らない。ニアから告げられたマニュアル通りに動かすも、その動作はぎこちなく逆に絶好の鴨となってしまう。

「俺はここでまだ死ぬわけにはいかない、もし俺がこいつを動かすことができるなら猶更だ……!!」

・しかし、玲也はブレストの操縦方法がゲームと同じ仕組みだったことに気づく。下手すれば死ぬこともありうる状況だが、ゲームと同じ方法で動かせるなら一か八か何とかなるかもしれないと、玲也はコントローラーを手にしてブレストを自分の手足のように操って追撃部隊を駆逐していく。この様子に驚きながらも玲也は行けるかもしれないと確信。そして残されたエネルギーを一度に放出する特殊能力ゼットバーストを発動させたうえで、必殺の電次元フレアーを放射した時には既に目の前に敵はいなかった。ブレストの驚異的な戦闘能力に電装マシン戦隊及び玲也たちは驚愕せざるを得なかった。

・だが第二波が迫っていた。ブレストで応戦しようとするもゼットバーストの関係でエネルギーが残りわずかしかない。流石にどうしようもないのかと玲也たちは焦り始めた時、ハードウェーザー・イーテストが参上して第二波を軽々と退ける。イーテストのプレイヤー・アンドリューからの指示に従い玲也たちはドラグーン・フォートレスへ帰投するが……