こんにちはすいです〜！
まず２章の終りに間章入れた点について少しばかり説明しますね
描かれてませんが、主人公が異世界転生する半月前にある問題がありまして、魔法省がとんでもない事をした事によって色んな人々から敵視される立場に変わります。その原因の一部が間章の内容となります。
その原因はヨツンヘイムの研究施設となり、それを調査してるのがギルド管理局の裏部隊の人々であり間章の主人公に依頼して動いたって話になります。
シリアスな話ですが、3章からメインストーリー始まり一気に吹き飛ばしてますのでよろしくお願いします