作品について、個別に質問をいただいたので、ご回答いたします。
Q:特殊犯罪対策課と警察は同じ組織ですか?
A:違う組織です
超ざっくり説明すると、物語の冒頭で千明が語っているように、特殊犯罪対策課の正式名称は【内閣府特殊情報局特殊犯罪対策課】です。
つまり、各都道府県の公安委員会の下に置かれる【都道府県警察】とは、元々の命令系統が異なります。
なお、日本全国の警察を統括指揮監督管理する組織として【警察庁】が存在しますが
こちらは内閣府の外局として存在する【国家公安委員会】の下に置かれる組織のため、これも特殊犯罪対策課とは近い組織であるものの、厳密には別の組織であると考えていただいて構いません。
しかしながら、実際の捜査の際は、警察の握っている捜査情報を特殊犯罪対策課が活用する場面が多々あるため、両者はある種の協力関係にあると考えることも可能です。
※特殊犯罪対策課はあくまで秘密組織のため、捜査機関として活動する際には各都道府県警察を名乗っての活動が主となります。
※また2章以降に登場予定ですが、特殊犯罪対策課が捜査活動の際に使用するアイテムとして、各都道府県警察の警察手帳が存在します。警察を隠れ蓑にして活動している以上、組織としてその辺は徹底しています。
上記を踏まえて、各組織のパワーバランスを簡単に表すと
【内閣府>特殊犯罪対策課>警察庁>都道府県警察】
こんな感じに捉えていただいて問題ありません。