主体不明の超知性体『開発者』によって夜空が見えなくなってしまった遠い未来の地球。南の島に住む少年カイは、島外れの岩礁で密かにフルーツを育てていた。少女ミオにそれを見せるのが楽しみだった。
『開発者』はピラミッドやスフィンクスなどの人類の遺産を次々と破壊し、アンモナイトやモササウルス、ウミサソリなど太古の生物たちを復活させて人類出現以前の時代に書き換えられていく。人類は『開発者』に地球を売り渡し、地球から立ち退きを迫られているのだ。
本物の星空を見たことがないカイとミオは、VRプラネタリウムで初めて星空を体験し、母から星座の神話について学ぶ。やがて、この世界の秘密と自分たちの出自を知ったカイとミオは地球を離れる最後の連絡艇の中から脱出し、二人だけで地球に残ることを決心する。