純菜さんは、いつも無双する

2039年、量子コンピューターの開発競争で後手を踏み弱体化し搾取され続ける日本。年間15万人もの自殺者。終わりかけたこの国を救ったのは、T大爆速PC研究会室長、三島祐樹だった。もはや、チート的な性能を見せるフォトンコンピューターJUNAを開発。その後数カ月で日本が、世界を支配する。しかし、哲学者・思想家であり、最強のサイエンティストである三島祐樹だが、JUNAの悪魔的な力と美しさに魅了されていく・・
そんな中200年後の日本のとある平行世界γ世界戦線上に、思念体で物理ボディにダイブした桐谷恭介は、すべてを忘れ別人となって生活していた。しかし、、その潜在意識には、あるオペレーションが、隠されている。