二次元の反乱

今より少し未来の話。
ある科学者が作り上げた二次元の絵を三次元に具現化する装置により、世界中に二次元のキャラクター達が具現化した。
そして、「二次元種」と呼ばれた彼らは人類を襲い始める。

時は経ち、二次元種に怯えるだけの人類がDIGと呼ばれる装置で絵を具現化・使役し、二次元種を元の紙の中に戻そうと反撃に出始めた。
動乱の渦中、紫苑という少年が生き別れた両親を探すために旅に出る。