この地域には祀られている要石があった。これは表向き地震を鎮めるものとされているが、実はクトーニアン達を封印しているものである。

病院の医院長鬼灯拓人は佐比売党に多額のバックを受けている人物である。また佐比売党にクトーニアンの繭を捧げたてより良い地位を約束してもらおうと考えいた。そして要石に嵌め込まれていた蛍石(クトーニアンの繭の成分が中に混ざって結晶化しているもの)を盗んでシュド・メルの封印を解いた。しかし、クトーニアンと上手く接触する手段がなく、クトーニアンの巣を見つけることができずにいた。

鬼灯拓人が悪戦苦闘しているなか、三聲叶という少女がクトーニアンのテレパシーを受け取り、クトーニアン達の住みかの洞窟に招かれてしまう。

そして偶然にもその三聲叶と鉢合わせた鬼灯拓人は三聲叶がクトーニアンのテレパシーを受け取れる人物であることを要石に嵌め込まれていた蛍石が伝承通りに輝いたことにより見抜いた。鬼灯拓人からして見ればクトーニアンの繭だけでなく、巫女候補を手にいれるチャンスである。鬼灯拓人は強引に迫り、三聲叶を捕らえようとして三聲叶に重症を負わせてしまう。その時の苦痛が蛍石を通してクトーニアンに逆流して地震が起きた。鬼灯拓人は地震の被害者として三聲叶を自分の病院にお運び、同盟関係のミ=ゴの技術で脳缶にして三聲叶を手にした。

これが2年前の出来事である。この2年の間は鬼灯拓人は蛍石と三聲叶を上手く制御できずにいた。また表向きの仕事が忙しく、未だに巣を見つけられずにいた。しかし、そんな中でも設備を整え蛍石と三聲叶を使った実験を進めていた。その計画により発生した電波はクトーニアン達に届き…