　舞台は江戸時代の日本。吉良上野介という高名な侍が、丑三つ時（深夜の三時〜五時頃）に活躍する謎の仕事人・首を探し求めています。彼はその容貌や正体が全く分からず、その存在は都市伝説のようにささやかれています。

　ある日、吉良上野介は密かに尾藤イサオという死んだはずの仲間に再会します。イサオは自分が吉良上野介の驚くべき正体であることを明かし、彼に協力しようと提案します。

　二人は共に、闇に潜む悪の勢力が引き起こす事件の真相を解明するため、戦いに身を投じます。その際、吉良上野介は「狼」という仮名を使用し、イサオは「水飴」という名前で活動します。

　彼らの相棒として、面妖と呼ばれる泥棒が加わります。面妖は正体を隠し、機敏な動きと特殊な武器を使って敵を翻弄します。

　吉良上野介、尾藤イサオ、面妖の三人は、結託した侍や忍者集団、悪徳商人など、様々な敵との戦いに挑みます。彼らは時には裏社会の陰謀に巻き込まれながらも、その英雄的な活躍で人々の背中を押し、正義のために闘い続けます。

「闇に舞う狼〜丑三つ時の面妖〜」は、吉良上野介と彼のパートナーたちが隠しきれない過去と向き合いながら、裏切りや陰謀といった試練に立ち向かう物語です。彼らがたどる戦いの道は険しく、時には己の信念を問われることもあるでしょう。しかし、吉良上野介と彼の仲間たちは、闇に舞う狼として、その正義の牙を鋭く剥くのです。