物語は、柴田恭兵（演 - 柴田恭兵）がリーダーとして活躍する特殊捜査班の活動を中心に展開します。上戸彩（演 - 上戸彩）は、彼の信頼を受けた刑事であり、チームの要となります。

物語の舞台は、ある医療事故が発生した軍隊の基地です。その事故により多数の兵士が命を落とし、内村光良（演 - 内村光良）演じる医師が柳葉敏郎（演 - 柳葉敏郎）に雇われ、事故の真相を追うこととなります。石原良純（演 - 石原良純）は、チームのテクニカルサポートとして、情報解析や科学的な知識を提供します。

柴田と彼のチームは、医療事故の背後に広がる闇を暴くために奮闘します。小泉孝太郎（演 - 小泉孝太郎）は、軍隊とのつながりや事故の隠蔽に関与していた人物として登場し、情報提供してくれます。竜雷太（演 - 竜雷太）は、裏社会の繋がりや関係者の取引を探ります。

特殊捜査班は、基地内の綱渡りのような状況で、証拠の収集や証言の取り調べを行い、真実を明らかにしていきます。しかし、医療事故の背後にはさらなる陰謀が絡んでおり、彼らは組織の構造や人間ドラマにも立ち向かっていきます。

「極限の密室〜戦火と闇の医師〜」では、刑事たちが医療事故という極限の状況に立ち向かいながら、戦火と闇の中で真相を追求する物語が描かれます。綱渡りのような難題に挑み、組織の陰謀を暴くために切磋琢磨する彼らの姿が描かれます。また、軍隊や医療の世界にも光が当てられ、登場人物たちの複雑な関係性や人間ドラマも織り交ぜられます。