　物語は、現代の高校を舞台に、理科室で起こる謎の事件を解決するために奔走する探偵・堂本剛を中心に展開します。

　堂本剛演じる探偵・堂本は、高校の理科教師・遠藤憲一演じる桜井と共に、理科室で起こった不可解な事件の真相に迫ります。彼らは、篠原ともえ演じる生徒指導教諭・高松や中居正広演じる校長・中村とも協力しながら、連続する不審な死亡事件の謎を解明していきます。

　事件のキーワードである理科室、罪と罰、ツナマヨには物語の鍵が隠されています。理科室での実験の過程で起きたトラブルや、学校内での人間関係によるドラマティックな展開が描かれます。また、ツナマヨというキーワードは、事件を解明する上での重要な手がかりとなります。

　知念里奈演じる生徒・鈴木奈々や六角精児演じる教頭・田村、陣内孝則演じる保健医・藤川など、個性豊かなキャスト陣も物語に彩りを添えます。彼らが事件の真相を覆す驚きの証言や行動を交えて、堂本探偵は事件の全貌を解き明かしていきます。

「堂本剛の事件簿〜理科室の罪と罰〜」は、ミステリーとドラマが融合した緊迫感あるストーリーです。堂本剛らしい独特な演技とキャスト陣の魅力的なキャラクターが、視聴者を引き込むクイズや推理の連続に興奮させます。理科室という狭い空間で繰り広げられる事件の解明に、視聴者はどんな展開が待っているのか期待を膨らませながら物語を楽しむことができます。