　数馬は数学が得意な高校生です。彼はある日、クラスメイトの的場が突然行方不明になったという事件を耳にします。数馬は的場が図案化された謎に巻き込まれた可能性を感じ、その真相を解明することに決めます。

　数馬は友人の甲斐と協力し、的場の家や学校周辺で調査を始めます。彼らは的場が最後に見られた場所のカメラ映像を入手し、そこには的場が医師法の本を持っている姿が映っていました。この情報から、数馬は的場が何らかの知識や情報にアクセスしようとしていたことに気付きます。

　さらに、数馬と甲斐は的場の部屋で羽化した謎の虫を発見します。これを手がかりに、彼らは図案化の謎を追いかけることになります。

　数馬と甲斐は数学の知識を駆使し、的場が図案化について研究していたことを突き止めます。彼らは研究論文や図案化関連の書物を調査し、的場の足跡をたどります。

　やがて、数馬と甲斐は的場が図案化の秘密の鍵を握っていたことを突き止めます。彼らは的場が特殊な数学的公式を用いて、図案を立体化する方法を発見したのです。

　事件の解決に近づく中、数馬と甲斐は的場の行方を追ううちに、より大きな陰謀の存在に気付きます。的場が勝手に図案化を研究していたのではなく、彼は何者かに追われていたのです。

　最終的に、数馬と甲斐は的場が研究していた図案化の秘密を解明し、的場が追われていた理由を暴きます。そして彼らは的場を救うため、陰謀に立ち向かう覚悟を決めるのであった。

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