　物語は、糸魚川市に突如として発生したゾンビ事件を、仲村トオル演じる元自衛官「長谷川将太郎」が、川口春奈演じる自称「糸魚川市のマドンナ」の「加代子」と、MEGUMIが演じる「霊能者調査団」の協力を得て、解決する物語です。

長谷川たちは、糸魚川市に拡散するゾンビウイルスの源を突き止めるため、出川哲朗演じるコンピューターエキスパート「ショウゴ」と、日村勇紀演じる戦闘エキスパート「ユウゴ」と共に、糸魚川市内を探索開始します。しかし、糸魚川市には、かつての武家屋敷跡にある「維新の館」という不気味な場所があり、木之元亮演じる「大塚源兵衛」という男が、そこで鰐を飼っていました。彼の行為がウイルス拡散の原因となったということが明らかになり、長谷川たちは、維新の館へ向かいます。

維新の館には、エイが触れると人間をゾンビ化する秘密のオブジェクトが存在しており、長谷川たちは、それを破壊することで、ウイルスの拡散を止めようとします。しかし、そこで彼らを待ち受けるのは、鰐がゾンビ化した恐怖の光景です。

物語は、長谷川たちが維新の館で鰐たちと戦いながら、ウイルスの源を破壊するために奮闘する様子を描きます。そして、最後には、彼らがウイルス拡散を終息させたことで、糸魚川市が再び平穏な街となる様子が描かれます。