寛永十三年、江戸柳生屋敷。

レールガン女子高生と柳生との戦いは以前として続いていた。

レールガン女子高生は柳生一族（一般人が想定する暗殺と陰謀を司る日本の闇の一族を指す言葉。だいたい五味康祐のせい）の誰よりも強かったが、流石に当代一流の剣豪・柳生宗矩と陰陽頭・柳生友景の二人を前にしてはさしものレールガン女子高生も些か分が悪かった。宗矩が屋敷で飼っている裏柳生は倒しても倒しても次々に現れるし、これを好機と見た時間機獣〔メカラディアン〕やショットガン女子高生までもが現れ、事態はまさに闇鍋のごとき様相を呈し始めた。形成不利を悟ったレールガン女子高生は、一瞬なにか不敵な表情を浮かべたのち、速やかにこの時代から離脱した。

柳生友景はレールガン女子高生が去ったことを確認すると、いきなり分厚い占事略决を持って宗矩の前に現れて、とにかくすごい神通力で柳生十兵衛の居所を探った。

だが――不思議なことに友景は、十兵衛の姿をこの世界の現在過去未来のいつの時代にも見つけることはできなかった。友景はレールガン女子高生に先手を打たれたことに気づき、厳しい表情を浮かべる。

――その頃、柳生十兵衛は突然ゴリラの世界に飛ばされてパニックになっていた。