人間社会に紛れ込み、人を喰らう正体不明の怪人「喰種」が蔓延する東京。上井大学に通う青年カネキは喰種・リゼに襲われ瀕死となるが、直後起こった鉄骨の落下により捕食を免れる。しかしその後、彼女の臓器を移植されたことで、半喰種となってしまう。それ以来、カネキは苦悩と恐怖に満ちた日々を送ることになる。

序章

読書好きの平凡な大学生・カネキは、好意を寄せていた少女・『リゼ』に小説をきっかけに話しかけられ彼女とデートをすることになる。その際、カネキは喰種であったリゼに襲われ瀕死の重傷を負うが、直後にリゼの頭上より鉄骨が落下し、2人は病院に搬送される。カネキは一命は取り留めたものの、重傷であり嘉納という医師の判断でリゼの臓器が移植される。

手術後、カネキは今まで食べてきた食物を口に出来なくなり、代わりに人肉に食欲をそそられるようになる。喫茶店あんていくの従業員である少女トーカと同店の店長を務める芳村、二人の喰種に出会い人肉を受け取るが、腹を満たすことと人としての尊厳を守ることとの間で激しく葛藤する。カネキは精神的にも肉体的にも追い詰められていく中、同じ大学に通う喰種のニシキに目をつけられ、親友であるヒデが捕食されそうになる。赫子を用いて辛くもニシキを撃退したカネキは暴走状態となるが、トーカに救われ負傷したヒデと共にあんていくに運ばれる。「自分の居場所はどこにもない」と悲嘆にくれるカネキだったが、芳村から「人と喰種のどちらの世界にも居場所を持てる唯一の存在である」と諭され、喰種としての生き方を学ぶため、あんていくのメンバーとして勤務することになった。

アニメ版は、第1話から第3話として放送。