「艦長、クルーが一万人です」「これもう戦艦じゃなくて国だよね？」
剣と魔法の時代が終わり、世は精霊の力を借りて魔導機（ロボット）に乗って戦う時代。
孤児であるレトは１２歳になった日、世話になっていたＡ級ギルドにて精霊の適合試験を受けたが不適合と認定されてしまう。
「レトは精霊に嫌われた！ どの属性の魔導機にも乗ることができない！」
他の子ども達は次々と精霊に適合したが、レトはごく潰しとされて鉱山で働くよう命じられてしまった。
鉱山に送られたレトは落盤事故が起きた際に大穴に落ちてしまい、そこで巨大な金属製の船を見つける。
内部の水晶らしき玉に触れた時、戦艦のＡＩを名乗る少女が現れた。
「あなたは精霊に好まれすぎたのです。あなたをこの戦艦の艦長と認めます」
「戦艦！？ かっこいい！ めちゃくちゃ強くしてやるぞ！」
ところがレトが強化を重ねるうちに世界最強と恐れられる兵器となってしまう。
そして難民を保護しているいちに、一つの国とすら呼べる規模に……。
