それぞれの思いを抱き、高校生たちは戦い続ける。それは果たして正義か悪か
今から１００年前となる２４００年四月八日、ある実験が行われた。それは、人間の秘められた力を開放するという実験だ。具体的にいうと、人間の体内のどこかに力を開放するための神魔石（Magic stone given by God）(＝MSG)を埋め込むというものである。結果は意外にも成功し、人類史上世界で初めて特殊能力持ちの人間が生み出された。この実験の成功により、世論は批判から一変、政府に対する称賛の嵐となった。
しかしその後、貴重な神魔石を巡って都市部で独占しようとするものが現れた。さらには、中々神魔石を手に入れることができない田舎の地域がそれに不満を持ち、各地方で反乱を起こした。その結果、反乱が全国に瞬く間に拡大し、さらには都市部でも全国的な反乱の余波が広がった結果、日本は１０年以上にわたる大規模な内戦が勃発した。内戦は徐々に激しさを増し、神魔石だけでなく、次第に領土の奪い合いに発展した。さらには、政治は国ではなく各地方が拠点となる高等学校を一つ作り、そこを中心に政治を進める、帝国学園制度が制定された。
そして、内戦から１１３年が経過した２５１３年四月八日。未だに、多くの尊い命が失われるこの大規模な内戦が収まる兆しが見えない中、ついにこの内戦を終結させるために動く者達が現れた。それは、故郷と家族を奪われ、大切なもの全てを失い、絶望を経験した７人の高校生だった。
これは、そんな身寄りのない高校生がかつての４７都道府県のあるべき姿を取り戻し、大切な人を奪ったこの不毛な争いを無くすために戦う物語である。
