確かにオウルもミレイたちの様子がおかしいと気づいたから、ではありますが……。
正確には、ジェスナとミレイのやり取りに反応したリュウキとラナイを見て気づきました。（無駄に細かい

一応地の文で「そんなリュウキたちの直感を知ってか知らずか、オウルがそう言い出す。（第２話《４》再び神殿へ）」というのがありまして、実のところリュウキたちの直感を知って（＝様子を見て）オウルはそう言い出していた、という意味になってたりします。（この文ではどっちだよって感じですが……）

何かあるのかなとは思いましたが、初対面だったので判断に迷った感じですね。
なのでリュウキたち（二人をよく知っている間柄）の様子が決め手になりました。

まあオウルも何気に鋭い（見た感じそうでもないですが）ので、自分の直感で気づいていてもおかしくないですし。
この辺の解説は軽く流してください……！