『胸元をぎゅっと握りしめた。』胸元と言う言葉は実際、意外と不明瞭なんですがそれはともかく、握りしめる事は出来ない場所のように思えます。多分、握り拳を押し当てた事だと思うのですが。

『そのまま帝国海軍から除籍されて廃艦が決定されたところを辰宮家が回収。』ただの感想ですが、辰宮家すげーな（笑

『程度修繕されているものの、完璧と言えず、完全に修復するよりも新しいものを作った方が効率が良いという結論が出てしまっていた。』『完璧とは言えず』の前の読点は必要ないでしょう。そして、『完全に修復するよりも』の箇所は必要ありません。

『機運が高まった結果。』ここは体言止めを使わない方がテンポがいいと思います。『結果である。』

『それがいきなり、しかも近代兵器が神器化したともあれば解体できるはずもない。だが、船としては既に終わってしまっているこの戦艦を運用するには特定の力を持った現人神でなけれならなかった。』いきなり神器化した事が明確に表現されていません。その後の一文がよく理解できません。
瑞乃によって神器化されたでいいのですよね？　後の一文はそのように変更した方がいいと思います。

『「彼女？」』ここで彼女の事を聞いているので、先の『彼女はもう単身では海に出ることはできない』では彼女という言葉は使わない方がいいです。聞いた後ならOK。
で、『彼女』の呼称が説明されていませんが、返ってきた言葉から判断すればいいのでしょうか？　にしても『なるほどね』くらいの言葉は欲しいものです。

『他人の神器からもそう思われてるわよー、なんて考えていた。』ここは考察ではなく描写にした方がいいかと思います。『苦笑する』とか。どんな考えなのか明確に表記するのも大切と言えば大切なのですが、そこはバランスで。行動描写、表情でその心情を表記するのも必要です。

『自己を切り捨て、死地に赴き身を呈して何かを守ろうとする。』この文章を変える必要はないのですが、端的にどういう事か書いた方がいいです。『～何かを守ろうとする。言い換えるのなら無鉄砲。』なんて感じでどうでしょう？

『しばし考えているとぼうーっと』ここに無意味な時間経過は必要ありません。改行し、『突然鳴り響く蒸気船の汽笛で、アンナの思考がぷつんと途切れる。』みたいな感じにしてみてはどうでしょうか？

『死人なんか出しませんよ。』う～ん……『出ませんよ』かなぁ。焦点が海難事故や災害大国であって、乗組員ではないので。

悪魔の岩礁が皇国にもあるのですか……
魚雷で吹き飛ばさなきゃ