今後、内容に整合性が取れなくなる可能性があるので、今のうちにいろいろ書いておきます。
もちろん、世界観は借りものなので、これらを他の方々がどれだけ勘案するかは自由です。「こうしたほうがいいんじゃないかな」という意見も大歓迎です！
・ひよりん2名がコールドスリープしていた研究所らしき建物。
この建物はつい最近第4コロニーから「建物の一部」が転移してきた。つまり本来のクローン施設は第4エリアにある。元の建物は「異界生類創研」が実験施設として使っていたが、異界生類創研は色々あって壊滅状態。
ウルクススフォルムが近所にあったのに、彼女たちの存在に気が付かなかったのはそのせい。
※異界生類創研がほぼ壊滅した理由は…
設定上：神蝶エーミールに洗脳されてあぼーん
ぶっちゃけ：異界生類創研出身ターゲットを作るのがめんどくさかったから。
・ホログラムの女性は何者？
「4/4の純粋な感情」に出てきた研究者の部下にして、有栖摩武装探偵社のスパイ。
にこひよりんと泣きひよりんだけがコールドスリープされていたのは、珍しく危機感を持った「銀星」眞白が研究所を区画ごと空間断絶法術で時空隔離されてしまったため。上司に尻尾切されたスパイさんは、最後の頼みの綱として彼女たちにコールドスリープさせて、最終的に「自分の存在の抹消」という壮絶な自殺を遂げた。
彼女の名は―――「虎牙」市村美麻。彼女が消滅したため、ルーチェが繰り上がりで「四牙」に就任した。
当然ひよりんたちは彼女のことを覚えていないが、時々彼女のことをふと思い出しては「？」となる人間もいるのだとか。
・なぜ第二世代は異様にdisられるのか？
転生してきた第一世代たちは、自分たちより能力が高い第二世代を恐れているから。
ゆえに「お前らは出来損ないだ」と一斉に唱えることで、彼らの台頭を頭ごなしに押さえつけるとともに、一部の第二世代を褒めまくることで、第二世代同士で反目しあわせている。
特にアイネたちのような人外婚で生まれた第二世代はやたらスペックが高いので、嫉妬が異常に激しい。
・第三世代、第四世代は？
多分いるのではないでしょうか。
とはいえ、私はあくまで主催者様から世界観を借りている身なので、あまり世界観を崩さないほうがいいかなと……
・アイネは半天使？
実はアイネはハーフエンジェルではなく「人間の血を引く天使」。
何が違うのかと言えば、アイネが人間らしいのは思考だけで、体の構成の殆どはエンジェルになっていること。あと、髪の毛の色は父親譲り。おそらく人体構造に詳しいキャラがアイネのことを知る、または直接見たら「いや、こいつのどこが『ハーフ』なの？」と首をかしげること請け合い。
ちなみに、彼女の母親は故人ならぬ故天使。秩序の神から遣わされた天使だったが、とある男性に一目ぼれして駆け落ちした。アイネはやむに已まれぬ事情で捨て子となり、運よく竜舞奏に拾われた。
現在はその人間性により能天気に暮らしているが、その本質は「悪を罰する天使」。アイネがやたら正義や秩序にこだわるのはそのせい。アイネの恐ろしいところは、ひとたび人間性を失えば本来の懲罰天使の性質が顕現してしまい、カンパニー社会の破壊に走る恐れがあること。
オリヴィエからしてみれば、アイネ親子は核地雷が不発核弾頭を育てているようなものであり、おっかないことこの上ない。
・竜舞奏の思惑
奏がアイネをここまで育て上げたのは、アイネが懲罰天使の性質をいつか顕現させたときの威力を増大させるため。
つまり、彼女は爆弾の威力を熟成させるだけさせて、誰かが起爆スイッチを踏むのを待っているのである。ふざけるな！
その他、思いついたら追記。